Ngay sau khi anh trai là Thiên hoàng Saga vừa thoái vị, Otomo lên ngôi lấy hiệu là Thiên hoàng Junna vào ngày 30/5/823[6]. Bắt chước vua tiền nhiệm, ông sử dụng lại niên hiệu trước đó là Konin (tháng 6/823 - tháng 1/824)

Không có tài liệu ghi chép gì về các hoạt động thời Junna trị vì. Đầu năm 823 (niên hiệu Konin thứ 10 thời Junna), Junna đề cử con trai của người anh - cựu Thiên hoàng Saga, là hoàng tử Masara làm người kế vị mình.

Đầu niên hiệu Tenchō thứ 10 của Thiên hoàng Junna (22/3/833)[7], Thiên hoàng Junna tuyên bố thoái vị và con trai của người anh - cựu Thiên hoàng Saga, là hoàng tử Masara lên ngôi, lấy hiệu Thiên hoàng Ninmyō.

Ngày 11/6/840, cựu Thiên hoàng Junna qua đời ở tuổi 55[8]. Sau cái chết của ông, quyền thần Fujiwara Yoshifusa bắt đầu chiến dịch vận động cho Montoku lên ngôi Thiên hoàng, chứ không phải hoàng tử Tsunesada trước đó đã được cựu Thiên hoàng đề cử lên ngôi. Sự kiện này đánh dấu gia tộc Fujiwara từng bước lên nắm quyền lực, khuynh đảo chính trường Nhật Bản.[9]